Instrumentalisasi agama yang dilakukan orde baru dalam bentuk berbagai kebijakan yang dilembagakan melalui departemen agama, telah menempatkan posisi agama-agama "resmi" sebagai subordinat baru terhadap berbagai "aliran", "sekte" atau apapun namanya, yang muncul akibat persoalan interpretasi terhadap doktrin. Dengan amat mudah aliran-aliran itu akan dituduh sebagai aliran "sesat" ketika tidak ada kesesuaian dengan aliran utama (mainstream), khususnya jika bertentangan dengan kepentingan negara. Sehingga lembaga-lembaga keagamaan dalam tahap "tertentu" telah bertindak sebagai perpanjangan negara, yang kekuasaannya melampaui wewenang Tuhan (tidak ada paksaan dalam agama) itu sendiri.