Berbagai umat beragama di Indonesia sementara ini berhadapan dengan beragam masalah yang sangat peka. Sebagian masalah itu menyangkut kehidupan intern masing-masing umat, orientasi spiritual dan iman serta hubungan antara aliran yang berbeda. Sebagian masalah lain berkaitan dengan posisi dan peranan agama-agama dalam masyarakat dan hubungannya dengan pemerintah.