Eksperimen pendidikan di SD Eksperimen Mangunan dilaksanakan sebagai implementasi gagasan Y.B. Mangunwijaya tentang konsep manusia Pasca-Indonesia dan Pasca-Einstein. Implementasi konsep tersebut tercermin dengan dikembangkannya tiga tujuan pembelajaran yang harus dicapai, yaitu manusia yang komunikatif-eksploratif, kreatif, dan integral. Konsep komunikatif-eksploratif dan kreatif mengacu pada pemikiran Pasca-Indonesia, sedangkan konsep integral mengacu pada konsep Pasca-Einstein. Secara didaktik metodik, tiga tujuan pembelajaran yang mengacu pada konsep Pasca-Indonesia dan Pasca Einstein tersebut dicapai lewat berbagai mata pelajaran khas eksperimen di SD eksperimental mangunan.